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归类思路不错，不过一般而言，CDC的资料繁多，我个人觉得比较顺手的是按照先年份再科室（或者叫部门），再按表格序号，接下来是月份号或流水号。

看了下楼主的编排主要是计划免疫类。可以类推。

比如06-JM-A02-003

06代表06年，JM代表计划免疫，FY代表防疫，XD代表消毒等等。A代表某个类别，比如基础类，上报报表或者计划总结。A02是考虑到有的类别里可能的报表类型是超过10个，所以用2位数。用了两位数，也保证了直排上的美观，避免有的地方A9和A10显示上会有一个明显的错位感。003是流水号，用三位仅仅是考虑美观，一般2位也可以够用了。

做资料归档的首要是每年度首先要有一份报表的清单，定期比如按照年度进行更新。报表的原始记录表在表头或者页眉直接定格报表的类别信息，尤其是年份。大批量印刷时注意考虑可能实际使用量，加一定的消耗系数。下发给基层的报表更新后应要求基层将旧有的报表进行集中上缴或销毁，避免基层单位继续使用一些过期报表。

资料的编号其实是为了资料进数据库管理而进行的，有效的编码归类，在数据管理上便于查询和统计。

以上是个人观点，欢迎听到大家好的建议。